论文作者登录进投稿账户后，会在“Main Menu”（主菜单）页面看到关于投稿状态的三个系列菜单，分别是“New Submissions”（新投稿）、“Revisions”（修改）、“Completed”（完成）。论文作者须选择“Submit New Manuscript”（提交新手稿）子菜单。
在“New Submissions”投稿状态菜单下，包括“Submit New Manuscript”、“Submissions Sent Back to Author”、“Incomplete Submissions”、“Submissions Waiting for Author’s Approval”、“Submissions Being Processed”五个子菜单。每个子菜单的末尾均在括号中跟随有一个“0”或非零数字，表示处于该状态的论文篇数。
在“Revisions”投稿状态菜单下，包括“Submissions Needing Revision”、“Revisions Sent Back to Author”、“Incomplete Submissions Being Revised”、“Revisions Waiting for Author’s Approval”、“Revisions Being Processed”、“Declined Revisions”六个子菜单。
在“Completed”投稿状态菜单下，只有“Submissions with a Decision”一个子菜单。
4. 上传投稿文件
在“Article Type Selection”这一步中选择论文的类型，然后在“Attach Files”这一步中从电脑上选择论文手稿（manuscript）和投稿信（cover letter）文件上传，并根据菜单提示对上传的文件选择标记正确的文件类型（例如manuscript、cover letter等）。有些医学期刊还要求上传具有国际标准统一格式的“Disclosure of Interest”（利益冲突说明）表格（在投稿指南中下载）。需要注意的是，上传文件的文件名须少于64个英文字符（含空格）。
点击“Build PDF for Approval”按键后，投稿系统会产生一个pdf文件，汇总展示投稿论文的全部内容，包括作者排名和正文。这时，在“Main Menu”（主菜单）的“Submissions Waiting for Author’s Approval”的投稿状态子菜单中会显示“（1）”，表示有1篇论文等待作者批准投稿。作者审阅pdf文件无误后，点击批准键提交，即可完成投稿流程。这时，在主菜单页面的“Submissions Being Processed”子菜单中会显示“（1）”，表示有1篇论文已经投稿成功。如果点击该子菜单，会跳出一个工具条，里面有关于此次投稿的详细信息和可选行动链接（包括“View Submission”和“Send E-mail”）。同时，论文作者的投稿邮箱会收到一封投稿成功的通知邮件，包括论文的投稿编号。下一步即可等待期刊的回复或观察投稿账户主菜单上的投稿状态变化。
